Τα τελευταία 50 χρόνια, πολλοί Χριστιανοί έχουν μπει στη διαδικασία της επανεξέτασης του ρόλου της Εκκλησίας στη Γερμανία, την εποχή του Ναζισμού. Αυτό που γίνεται φανερό είναι το βάθος του χάσματος ανάμεσα στα ιδανικά που η Εκκλησία έχει ανέκαθεν θέσει για τον εαυτό της και του τρόπου που ανταποκρίθηκε στην αποκτήνωση της γερμανικής κυβέρνησης, υπό την ηγεσία του Αδόλφου Χίτλερ.
Ο
Dietrich Bonhöffer ήταν ένας από τους λίγους ηγέτες της Εκκλησίας που στάθηκε με θάρρος ενάντια στον Φύρερ και τις πολιτικές του. Για να τιμήσει τη μνήμη του το τμήμα Εκκλησιαστικών Σχέσεων του U.S. Holocaust Memorial Museum ζήτησε από τη
Victoria Barnett, συγγραφέα του βιβλίου «
For the Soul of the People, Protestant Protest Against Hitler» να γράψει ένα κείμενο για τον Bonhöffer, καλύπτοντας την εποχή από την άνοδο του Ναζισμού έως τον θάνατό του στο στρατόπεδο συγκεντρώσεως Flossenburg το 1945.
Η ιστορία που ακολουθεί θα δώσει στον αναγνώστη μια γεύση της διαμάχης μέσα στην Προτεσταντική Εκκλησία, καθώς και την εκπληκτική αντίδραση ενός ποιμένα/θεολόγου σ' αυτή τη διαμάχη αλλά και στην αναταραχή που επικρατούσε στο ίδιο το γερμανικό έθνος.
«Το έσχατο ερώτημα που ένας υπεύθυνος άνδρας θα ρωτούσε είναι όχι πως ο ίδιος θα μπορούσε να ξεμπλέξει ηρωικά από την υπόθεση, αλλά πως η επερχόμενη γενιά θα συνεχίσει να ζει» (Dietrich Bonhöffer, Δεκέμβριος 1942).
Τα χρόνια μετά το θάνατό του, ο Προτεστάντης θεολόγος Dietrich Bonhöffer έχει γίνει ευρέως γνωστός ως ένας από τους λίγους Χριστιανούς μάρτυρες, σε μια ιστορία που κηλιδώθηκε από τη χριστιανική συνέργεια με το Ναζισμό. Εκτελέστηκε στο στρατόπεδο συγκέντρωσης Flossenburg στις 9 Απριλίου του 1945, για το ρόλο που έπαιξε στην αντίσταση ενάντια στον Χίτλερ. Οι επιστολές του Bonhöffer καθώς και τα θεολογικά του έργα επηρεάζουν ακόμα Χριστιανούς σε όλο τον κόσμο.
Από πολλές απόψεις πάντως, η κληρονομιά του Bonhöffer είναι σύνθετη. Η εμπειρία του με το Ναζισμό τον ώθησε σε έντονη σύγκρουση μ’ ένα τμήμα της θρησκευτικής του παράδοσης, εγείροντας ερωτήματα που δεν κατάφερε να απαντήσει πριν η ζωή του φτάσει στο τέλος της. Τα ερωτήματα αυτά συνεχίζουν να τα αντιμετωπίζουν όσοι ερευνούν τη σχέση του Bonhöffer με τη σημερινή εποχή.
Αυτό ισχύει ιδιαίτερα σε σχέση με την αντίληψη που είχε ο Bonhöffer για τη σχέση Ιουδαϊσμού και Χριστιανισμού. Όσον αφορά τις πολιτικές του σκέψεις και τη δημόσια αντίθεσή του στο Ναζιστικό καθεστώς, ο Bonhöffer με βεβαιότητα ξεπέρασε τους περισσότερους συντρόφους και συμπατριώτες του. Παρ' όλα αυτά, αρκετό από το θεολογικό του έργο αντικατοπτρίζει παραδοσιακές χριστιανικές συμπεριφορές απέναντι στον Ιουδαϊσμό. Όπως και οι περισσότεροι Χριστιανοί της γενιάς του, ο Bonhöffer πίστευε πως ο ιδιαίτερος στόχος του Θεού για τον εβραϊκό λαό ήταν η τελική αποδοχή του Ιησού ως Μεσσία.
Σαν συνέπεια αυτών των θέσεων Χριστιανοί και Εβραίοι ιστορικοί εκτιμούν την κληρονομιά του Bonhöffer αρκετά διαφορετικά. Για πολλούς Χριστιανούς, η αντίστασή του κατά του Ναζισμού κι οι διορατικές σκέψεις που εκφράζονται στα γραπτά του προσφέρουν νέα ηθικά και θεολογικά μοντέλα. Μερικοί Εβραίοι μελετητές, ωστόσο, ισχυρίζονται πως ο Bonhöffer ενήργησε για λογαριασμό της εκκλησίας του και πως καθοδηγείτο από μια βαθιά αίσθηση πατριωτισμού, και συνεπώς δεν ενεργούσε για χάρη των Ευρωπαίων Εβραίων. Εξαιτίας αυτού και επειδή η χριστιανική παράδοση ήταν το κεντρικό σημείο αναφοράς του, πολλές από τις σκέψεις του μοιάζουν εντελώς άσχετες με την εβραϊκή κοινότητα.
Πώς θα έπρεπε να κατανοήσουμε το ρόλο του Dietrich Bonhöffer;
Ποια ήταν τα κίνητρά του;
Ποια είναι η κληρονομιά που μας άφησε ως επακόλουθο του Ολοκαυτώματος;
Ο Dietrich Bonhöffer γεννήθηκε στο Breslau στις 4 Φεβρουαρίου του 1906. Ήταν το έκτο παιδί του Karl και της Paula Bonhöffer. Ο πατέρας του ήταν ένας διαπρεπής καθηγητής της ψυχιατρικής και της νευρολογίας, ενώ η μητέρα του ήταν μια από τις λίγες γυναίκες της γενιάς της που ήταν κάτοχος πανεπιστημιακού τίτλου.
Η Paula Bonhöffer επέλεξε να εκπαιδεύσει τα παιδιά της τα πρώτα τους χρόνια στο σπίτι παρατηρώντας πως: «Οι Γερμανοί νιώθουν την αξιοπρέπειά τους να τσακίζεται δυο φορές στη ζωή τους: πρώτα στα σχολεία και μετά στο στρατό». Η έμφασή της σ’ ένα ισχυρό ηθικά και πνευματικά χαρακτήρα, ήταν κάτι κοινό σε όλη την οικογένεια Bonhöffer. Αυτό έγινε φανερό στα τραγικά επακόλουθα της αποτυχημένης απόπειρας δολοφονίας του Αδόλφου Χίτλερ, όταν τέσσερα μέλη του στενού οικογενειακού κύκλου εκτελέστηκαν: δύο γιοι (Dietrich και Klaus) και δύο γαμπροί (Hans von Dohnanyi και Rudiger Schleicher).
Από την αρχή, τα ενδιαφέροντα του Bonhöffer υπερέβαιναν τα όρια της γερμανικής ακαδημαϊκής κοινότητας και η διανοητική του ικανότητα, καθώς και τα επιτεύγματά του στο θεολογικό τομέα τον έκαναν γρήγορα διάσημο. Ολοκλήρωσε τις σπουδές του στο Tübingen και στο Βερολίνο με τη διατριβή του το 1927, Sanctorum Communio υπό τον Reinhold Seeberg. Το 1928 υπηρέτησε ως εφημέριος στη γερμανική ενορία στη Βαρκελώνη. Το 1930 ολοκλήρωσε τις θεολογικές του εξετάσεις και φοίτησε στο Union Seminary στη Νέα Υόρκη. Δραστηριοποιήθηκε επίσης στο νεοσύστατο οικουμενικό κίνημα, αποκτώντας έτσι διασυνδέσεις που θα αποδεικνύονταν πάρα πολύ σημαντικές στο έργο του στην αντίσταση. Το 1931, ο Bonhöffer ξεκίνησε να διδάσκει στη θεολογική σχολή του Βερολίνου.
Με την άνοδο του Χίτλερ, στην εξουσία στα τέλη του Ιανουαρίου του 1933, η εκκλησία του Bonhöffer εισήλθε στην πιο δύσκολη περίοδο της ιστορίας της.
Από το ξεκίνημά της, η Γερμανική Ευαγγελική Εκκλησία (η κυρίαρχη Προτεσταντική εκκλησία της Γερμανίας) διαμορφώθηκε υπό την επιρροή του εθνικισμού και την υπακοή στην κρατική εξουσία. Επηρεασμένοι από αυτές τις παραδόσεις, και ανακουφισμένοι που ένας στιβαρός νέος ηγέτης είχε αναδυθεί μέσα από το χάος που είχε προηγηθεί, πολλοί Προτεστάντες καλωσόρισαν την άνοδο του Ναζισμού.
Πιο συγκεκριμένα, μια ομάδα που αποκαλείτο Deutsche Christen («Γερμανοί Χριστιανοί») έγιναν η φωνή της ναζιστικής ιδεολογίας μέσα στην Ευαγγελική Εκκλησία, υποστηρίζοντας ακόμη και την αφαίρεση της Παλαιάς Διαθήκης από την Αγία Γραφή. Το καλοκαίρι του 1933, αναφερόμενοι στους κρατικούς νόμους περί της Άριας φυλής, που απαγόρευαν σε όλους τους «μη-Άριους» την κατάταξη στον στρατό, οι Deutsche Christen εισηγήθηκαν μια παρόμοια πρόταση και για την εκκλησία για να αποκλείσουν τους «μη-Άριους» από τη διακονία ή τη διδασκαλία μέσα στην εκκλησία.
Η διαμάχη που επακολούθησε παραλίγο να διασπάσει τη Γερμανική Ευαγγελική Εκκλησία. Παρά τον ευρέως διαδεδομένο αντισημιτισμό και τον ενθουσιασμό για το Ναζισμό, οι περισσότεροι εκκλησιαστικοί ηγέτες ακλόνητοι υποστήριξαν τη «Judenmission», τον ευαγγελισμό, τον προσηλυτισμό και το βάπτισμα των Εβραίων. Αλλά οι Deutsche Christen ισχυρίζονταν πως οι Εβραίοι, ως «ξεχωριστή φυλή», δεν μπορούσαν να γίνουν μέλη μιας «άριας» γερμανικής εκκλησίας ούτε ακόμη μέσω του βαπτίσματος - μια ξεκάθαρη αποκήρυξη της αξιοπιστίας της διδασκαλίας των ευαγγελίων.
Η αντίδραση του Προτεσταντισμού στην «αριανή παράγραφο», δεν βασιζόταν λοιπόν σε διαφωνίες για τη ρατσιστική πολιτική των Ναζί, αλλά σ’ ένα σημαντικό στοιχείο του χριστιανικού δόγματος.
Εντούτοις, η ιστορία αυτή οδήγησε τους εκκλησιαστικούς ηγέτες σε μια δημόσια αντιπαράθεση σχετικά με ένα από τα πιο σημαντικά στοιχεία της ναζιστικής ιδεολογίας. Σ' αυτή την αρχική διαμάχη για τη διατήρηση της εκκλησιαστικής ανεξαρτησίας, οι περισσότεροι εκκλησιαστικοί ηγέτες απέφυγαν το βαθύτερο πρόβλημα: ότι είχε γίνει μια επίθεση στα δικαιώματα όλων των Γερμανών Εβραίων. Πράγματι, πολλοί από αυτούς που αντιτίθονταν στην «αριανή παράγραφο» στην εκκλησία, υποστήριζαν, κατά τα άλλα, τους περιορισμούς που έθετε το καθεστώς στους Γερμανούς Εβραίους.
Ο Bonhöffer εναντιώθηκε σθεναρά στην «Αριανή παράγραφο», επιχειρηματολογώντας πως τυχόν επικύρωσή της θα παρέδιδε τις χριστιανικές αρχές στην πολιτική ιδεολογία. Εάν οι «μη-Αρίοι» αποκλείονταν από τη διακονία, επιχειρηματολόγησε, τότε και οι συνεργάτες τους θα έπρεπε, δείχνοντας αλληλεγγύη, κι αυτοί να παραιτηθούν, ακόμη και αν αυτό θα σήμαινε την δημιουργία μιας νέας εκκλησίας - μια «Ομολογούσα» εκκλησία που θα παρέμενε ελεύθερη από τη ναζιστική επιρροή. Αυτή όμως ήταν μια μειοψηφούσα άποψη, οι περισσότεροι Γερμανοί επίσκοποι ήθελαν να αποφύγουν τη σύγκρουση με το ναζιστικό καθεστώς και να κρατήσουν τις περιφερειακές τους εκκλησίες ενωμένες.
Οι ισχυρότεροι αντίπαλοι της ναζιστικής επιρροής στις εκκλησίες, συμπεριλαμβανομένου του Dietrich Bonhöffer, τελικά σχημάτισαν την «Ομολογούσα Εκκλησία». Αλλά, ενώ μερικοί από τους Ομολογούντες Χριστιανούς τοποθετήθηκαν ανοιχτά υπέρ της αντίστασης ενάντια στο καθεστώς, πιο μετριοπαθείς Προτεστάντες (εντός και εκτός της Ομολογούσας Εκκλησίας) έκαναν αυτό που θεώρησαν ως απαραίτητους συμβιβασμούς. Καθώς η ναζιστική δικτατορία αύξησε την πίεση, η Ομολογούσα Εκκλησία παρέλυσε.
Σ’ ένα δοκίμιό του τον Απρίλιο του 1933, «Η Εκκλησία και το Εβραϊκό Ερώτημα», ο Dietrich Bonhöffer ήταν ο πρώτος που επιλήφθηκε των νέων προβλημάτων που αντιμετώπιζε η εκκλησία κάτω από τη ναζιστική δικτατορία. Υπήρξαν κάποιες εκπληκτικές απόψεις που διατυπώθηκαν σ' αυτό το δοκίμιο, αλλά υπάρχουν και πολλά προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι σύγχρονοι αναγνώστες. Αν και κάλεσε την εκκλησία να υπερασπιστεί τα θύματα της κρατικής βίας, η υπεράσπιση των Εβραίων σημαδεύτηκε από τον χριστιανικό «υπερβατισμό» (supersessionism), τη χριστιανική πεποίθηση, δηλαδή, πως ο Χριστιανισμός έχει υπερκαλύψει τον Ιουδαϊσμό, τόσο ιστορικά όσο και στα μάτια του Θεού.
«Η ιστορία των παθών αυτού του λαού, που αγαπήθηκαν αλλά και τιμωρήθηκαν από το Θεό, είναι το σημάδι της τελικής επιστροφής του λαού Ισραήλ στο Θεό του», έγραψε ο Bonhöffer. «Και αυτή η επιστροφή πραγματοποιείται με τη μεταστροφή του Ισραήλ στο Χριστό».
Αλλά ο Bonhöffer συνειδητοποίησε επίσης πως ο Ναζισμός έθετε μια πολύ διαφορετική πρόκληση προς τις εκκλησίες, και εδώ πράγματι ήταν πρωτοπόρος.
«Η Εκκλησία δεν καλείται απλά να ξεκαθαρίσει τη συμπεριφορά της απέναντι στον Ιουδαϊσμό και τους Ισραηλίτες», σημείωνε. «Το αληθινό ερώτημα ήταν πως η εκκλησία θα αξιολογούσε και θα ανταποκρινόταν στις ενέργειες του Ναζιστικού κράτους ενάντια στους Εβραίους».
Σ' αυτό το σημείο ο Bonhöffer ήταν κατηγορηματικός σχετικά με την υποχρέωση της πολιτείας να καταπολεμήσει την πολιτική αδικία. «Η εκκλησία θα πρέπει», έγραψε, «να πολεμήσει το κακό σε τρία επίπεδα: Το πρώτο ήταν να αμφισβητήσει την κρατική αδικία και να κάνει έκκληση προς την κρατική εξουσία να επιδείξει υπευθυνότητα, το δεύτερο ήταν να βοηθήσει τα θύματα της αδικίας, ανεξάρτητα από το αν ήταν μέλη της Εκκλησίας ή όχι».
Εν τέλει, ίσως η Εκκλησία χρειαζότανε «όχι μόνο να βοηθήσει τα θύματα που είχαν βρεθεί κάτω από τον τροχό, αλλά και να πέσει η ίδια στις ακτίνες του τροχού» με στόχο να σταματήσει τη μηχανή της αδικίας.
Το κείμενό του αποκάλυπτε τα δύο επίπεδα στα οποία θα λειτουργούσαν η σκέψη και οι πράξεις του Bonhöffer κατά τη διάρκεια του Γ' Ράιχ.
Στο πρώτο επίπεδο, διαπίστωνε πως το ολοκληρωτικό δόγμα του Ναζισμού απαιτούσε μια πολιτική αντίδραση από τις εκκλησίες. Ολοκλήρωσε τη συγγραφή του κειμένου τις ημέρες που ακολούθησαν την 1 Απριλίου 1933, που έλαβε χώρα το μποϊκοτάζ των εβραϊκών επιχειρήσεων. Το κείμενό του, λοιπόν, «Η Εκκλησία και το Εβραϊκό Ζήτημα» ήταν μια κατηγορηματική ηθική δέσμευση προς όλους εκείνους που διώχθηκαν από το Ναζισμό. Κατά τη διάρκεια της ίδιας εβδομάδας, ο ίδιος και ο αδερφός του Klaus συναντήθηκαν με τον Αμερικάνο θεολόγο Paul Lehmann και ετοίμασαν μια επιστολή στον ηγέτη των Εβραίων στις Η.Π.Α., τον ραβί Stephen Wise.
Ο Bonhöffer έβλεπε ξεκάθαρα τα μέτρα ενάντια στους Εβραίους σαν θέμα πολιτικών δικαιωμάτων και ελευθεριών (κάποιοι ερευνητές πιστεύουν πως επηρεάστηκε από τη στενή του φιλία στο Union Seminary με έναν αφροαμερικάνο συμφοιτητή του, τον Frank Fisher, και τις εμπειρίες του Fisher με το ρατσισμό.)
Σε θεολογικό επίπεδο, πάντως, ο Bonhöffer πίστευε ακόμα πως το «Εβραϊκό ζήτημα» θα επιλυότανε οριστικά μόνο μέσω του προσηλυτισμού των Εβραίων. Ποτέ δεν εγκατέλειψε αυτή την άποψη κατηγορηματικά, μια άποψη που ήτανε ευρέως διαδεδομένη στη χριστιανική εκκλησία, ακόμα και στους οικουμενικούς κύκλους που ήταν και οι πλέον δραστήριοι, βοηθώντας τους Εβραίους πρόσφυγες του Ναζισμού.
Στα τέλη του 1933, οι Deutsche Christen είχαν πετύχει να ελέγχουν πολλές Προτεσταντικές εκκλησίες σε όλη τη Γερμανία. Η πολιτική τους να αποκλείουν όσους είχαν «εβραϊκό αίμα» από τη διακονία εγκρίθηκε, το Σεπτέμβριο του 1993, από την εθνική εκκλησιαστική σύνοδο στο Wittenberg. Την επόμενη μέρα, ο Bonhöffer έστειλε ένα τηλεγράφημα στην οικουμενική οργάνωση της Ελβετίας:
«
H Άρια παράγραφος είναι εν ισχύει, παρακαλώ όπως συντάξετε υπόμνημα ενάντια σ' αυτό και ενημερώσατε τον τύπο άμεσα».
Ο Bonhöffer είχε κατανοήσει αμέσως πόσο σημαντικό ήταν να ενημερωθεί η διεθνής χριστιανική κοινότητα σχετικά με τα τεκταινόμενα στη ναζιστική Γερμανία. Μέσα στη Γερμανική Ευαγγελική Εκκλησία, ξεκίνησε μια διαμάχη για το ποιά ομάδα θα εκπροσωπούσε την Εκκλησία διεθνώς. Ο Bonhöffer συνέχισε να ενημερώνει τακτικά τους οικουμενικούς του φίλους, οι οποίοι και, όχι μόνο λόγω του σεβασμού τους προς το πρόσωπό του, αρνήθηκαν να αποδεχτούν την επίσημη εκκλησιαστική εκδοχή των γεγονότων στην Γερμανία.
Οι δραστηριότητες του Bonhöffer σ' αυτό το μέτωπο έγιναν σύντομα πολύ έντονες. Αρκετές ημέρες πριν τη Σύνοδο του Wittenberg, πήρε μέρος στο συνέδριο της Παγκόσμιας Συμμαχίας στη Σόφια, στη Βουλγαρία, όπου και «μίλησε εντελώς ανοιχτά σχετικά με το Εβραϊκό ζήτημα, την Άρια παράγραφο μέσα στην εκκλησία... και σχετικά με το ερώτημα για το μέλλον των μειονοτήτων» στη Γερμανία. Με την παρότρυνση του Bonhöffer οι σύνεδροι ψήφισαν ένα καταδικαστικό ψήφισμα ως αναφορά τις γερμανικές πράξεις ενάντια στους Εβραίους:
«
Αποδοκιμάζουμε ιδιαιτέρως το γεγονός πως τα κρατικά μέτρα ενάντια στους Εβραίους της Γερμανίας είχαν τέτοια επίδραση στη κοινή γνώμη που σε μερικούς κύκλους η εβραϊκή φυλή θεωρείται μια κατώτερη φυλή».
Ο Bonhöffer πήγε ένα αντίγραφο από αυτό το ψήφισμα στον Γερμανό πρόξενο στη Σόφια, για να αποδείξει ότι οι η γερμανική πολιτική απέναντι στους Εβραίους τραυμάτιζε την εικόνα της Γερμανίας στο εξωτερικό. Οι ηγέτες της Γερμανικής Ευαγγελικής Εκκλησίας στο Βερολίνο οργισμένοι απαίτησαν να αποσυρθεί από τις οικουμενικές δραστηριότητες, αλλά ο Bonhöffer αρνήθηκε. Το ψήφισμα της Σόφιας προκάλεσε ακόμη και τη διαμαρτυρία του Γερμανικού υπουργείου εξωτερικών:
«
Προκλήσεις ενάντια στη Γερμανία έχουν αναφερθεί εξαιτίας του Εβραϊκού ζητήματος σε κύκλους που ήτανε μέχρι πρότινος ανυπόκριτα θετικοί προς εμάς, και έχουν εκφρασθεί εμφατικά και δημόσια την ίδια ακριβώς στιγμή που η Γερμανία, λόγω της επερχόμενης συνάντησης της Ένωσης των Εθνών, θα δεχθεί κακοπροαίρετη επίθεση λόγω του Εβραϊκού ζητήματος...»
Η κριτική αυτή το μόνο που κατάφερε ήταν να ενισχύσει την ειλημμένη απόφαση του Bonhöffer. Έγινε επίσης πιο αποφασιστικός στις ενέργειές του. Τον Απρίλιο του 1993, του ζητήθηκε από την αδερφή του και τον σύζυγό της, Gerhard Leibholz, να αναλάβουν την κηδεία του πατέρα του Leibholz. Η οικογένεια Leibholz, αν και ήταν προσήλυτοι Εβραίοι, είχαν επηρεασθεί από τους ναζιστικούς ρατσιστικούς νόμους, ο Gerhard Leibholz μάλιστα είχε ήδη χάσει την εκπαιδευτική του θέση. Ο πρεσβύτερος Leibholz δεν ανήκε πάντως σε καμία εκκλησία ή συναγωγή και ο Bonhöffer αρνήθηκε να αναλάβει την κηδεία αφού είχε λάβει προειδοποίηση από τον υπεύθυνο της εκκλησίας του να μην αναλάβει την κηδεία ενός μη-μέλους της εκκλησίας.
Μέχρι τον Νοέμβριο ο Bonhöffer είχε μετανοήσει για την πράξη του αυτή. Σε μια συναισθηματικά φορτισμένη επιστολή προς την αδερφή του και τον σύζυγό της απολογήθηκε: «Πώς είναι δυνατόν να φοβήθηκα τόσο πολύ; ...Θα πρέπει να ζητήσω και από τους δυο σας να συγχωρήσετε την αδυναμία μου. Σήμερα πια είμαι σίγουρος πως θα έπρεπε να είχα ενεργήσει διαφορετικά».
Προς το τέλος του 1993, ο Bonhöffer απέρριψε μια θέση σε ενορία του Βερολίνου, λέγοντας πως δε θα μπορούσε να δεχτεί την ώρα που «μη-Άριοι» συνάδελφοί του ήταν αποκλεισμένοι από τέτοιες θέσεις. Αποφάσισε να δεχτεί μια θέση σε μια από τις γερμανόφωνες συναθροίσεις του Λονδίνου. Σε μια επιστολή προς τον Karl Barth, ο Bonhöffer έγραψε πως ξαφνικά συνειδητοποίησε πως βρισκόταν σε αντίθεση με όλους τους φίλους του και έτσι αποφάσισε πως «ήταν η ώρα να πάω για λίγο στην έρημο». Έφυγε από τη Γερμανία μέσα σε απόγνωση για τη δειλία που έδειξε μέσα στην εκκλησία του.
Η ενορία του Bonhöffer στο Λονδίνο αποτέλεσε μια όαση για Χριστιανούς και Εβραίους πρόσφυγες, και μια στενή φιλία γεννήθηκε ανάμεσα στον Bonhöffer και τον επίσκοπο George Bell του Chichester. Ο Bonhöffer συνέχισε τη μάχη του για την οικουμενική αναγνώριση της Ομολογούσας Εκκλησίας, επιτυγχάνοντας νίκη τον Αύγουστο του 1934, στο συνέδριο της Παγκόσμιας Συμμαχίας στο Fano της Δανίας, όπου ο οικουμενικός αυτός οργανισμός αποφάσισε, παρά τις διαμαρτυρίες της επίσημης Γερμανικής εκκλησίας, να αναγνωρίσει αντιπροσώπους και από τις δύο γερμανικές τάσεις.
Στα τέλη του 1934, η ενορία του Bonhöffer στο Λονδίνο κι αρκετές άλλες γερμανικές ενορίες στο Λονδίνο, αποσύρθηκαν από την επίσημη Γερμανική Ευαγγελική Εκκλησία, διακηρύσσοντας την υποστήριξή τους προς την Ομολογούσα Εκκλησία.
Τον Απρίλιο του 1935, ο Bonhöffer επέστρεψε στη Γερμανία, όπου η Ομολογούσα Εκκλησία βρισκόταν υπό την αυξανόμενη πίεση της Γκεστάπο. Παρ' όλα αυτά οι περισσότεροι εκκλησιαστικοί ηγέτες, συμπεριλαμβανομένων και μερικών από την Ομολογούσα Εκκλησία, όχι μόνο αρνήθηκαν να αντιταχθούν ανοιχτά στο ναζιστικό καθεστώς, αλλά άσκησαν και κριτική στους συναδέλφους τους που το έπραξαν. Σαν συνέπεια, οι πιο ριζοσπαστικοί Ομολογούντες Χριστιανοί βρέθηκαν να δέχονται επιθέσεις από όλες τις πλευρές.
Τον Σεπτέμβριο του 1935, λιγότερο από δυο εβδομάδες από την ανακοίνωση των Νόμων της Νυρεμβέργης, που εξάλειψαν και τα τελευταία δικαιώματα των Εβραίων, οι ηγέτες της Ομολογούσας Εκκλησίας συνεδρίασαν σ’ ένα προάστιο του Βερολίνου ονόματι Steglitz. Ανάμεσά τους ήταν και μια μικρή ομάδα ακτιβιστών που είχαν ήδη αρχίσει, με μικρά βήματα, να βοηθούν τους Εβραίους. Μια από αυτές ήταν και μια διακόνισσα στο Βερολίνο, η Marga Meusel. Αν και οι περισσότεροι που ζητούσαν βοήθεια ήταν Εβραίοι Χριστιανοί, η Meusel ήταν οργισμένη από τον διωγμό όλων αυτών που εμπλέκονταν στους ναζιστικούς ρατσιστικούς νόμους.
Η Meusel μάλιστα είχε γράψει ένα σημείωμα στους εκκλησιαστικούς ηγέτες σχετικά με τις δοκιμασίες των «μη-Αρίων» Χριστιανών το Μάιο του 1935. Αλλά τέσσερις μήνες αργότερα, το ξαναέγραψε, αναφερόμενη όχι πια στους «μη-Αρίους» Χριστιανούς, αλλά σε όλους τους Εβραίους, καταγγέλλοντας μάλιστα τη σιωπή της εκκλησίας σ' αυτό το θέμα. Και περισσότερο κατήγγειλε εκείνους που θεώρησαν τις διώξεις των Ναζί στους Εβραίους ως θέλημα Θεού:
«Από πότε έχει ο διάβολος το δικαίωμα να παρουσιάζει τις διεστραμμένες πράξεις του ως θέλημα Θεού;»
Ήταν επιβεβλημένο, συνέχιζε, πως η εκκλησία δημόσια θα εναντιωθεί σ' αυτά τα μέτρα και θα βοηθήσει όλο τον κόσμο - χριστιανούς και μη - που επηρεάζεται από αυτά.
Ο επιστάτης της εκκλησίας του Βερολίνου Martin Albertz αγωνίστηκε για να μπει η δήλωση της Meusel στην ατζέντα της Συνόδου στο Steglitz. Αλλά οι περισσότεροι σύνεδροι θέλανε να αποφύγουνε το θέμα εντελώς, πολλοί μάλιστα απείλησαν πως θα αποχωρήσουν από το συνέδριο αν το «Εβραϊκό ζήτημα» ερχόταν προς συζήτηση. Κάποιοι μάλιστα πρότειναν να εκδοθεί ένα ψήφισμα που θα υποστήριζε κατηγορηματικά το δικαίωμα του κράτους να ρυθμίζει τα θέματα των Εβραίων, κι έτσι φυσικά θα απέφευγε η Ομολογούσα Εκκλησία τις κυρώσεις των νόμων της Νυρεμβέργης.
Ο Bonhöffer μόλις είχε αρχίσει να διδάσκει στο Finkenwalde, ένα σεμινάριο της Ομολογούσας Εκκλησίας, όταν έλαβε μια επείγουσα έκκληση από τους φίλους του στο Βερολίνο για να έρθει στο Steglitz. Οι προσπάθειές τους στη σύνοδο είχαν ανάμικτα αποτελέσματα. Η αναφορά της Meusel και το βαθύτερο ζήτημα σχετικά με τα πολιτικά γεγονότα ση ναζιστική Γερμανία παρακάμφθηκαν, η διαμάχη περιορίστηκε στο παλαιό θέμα του αν θα επιτρεπότανε στους βαπτισμένους Εβραίους να παραμείνουν στην εκκλησία. Τελικά η σύνοδος πέρασε μια πρόταση υποστήριξης του βαπτίσματος των Εβραίων, η Meusel και ο Bonhöffer καταδίκασαν την αποτυχία αυτή της συνόδου να κινηθεί πέρα από μια πολύ περιορισμένη αναφορά στους «μη-Αρίους» χριστιανούς.
Ο Bonhöffer επέστρεψε στο Finkenwalde και μυστικά συνέχισε να εκπαιδεύει νέους κληρικούς στην Ομολογούσα Εκκλησία. Οι περισσότεροι από τους μαθητές του δεν επιτρεπότανε από την επίσημη εκκλησία να καταλάβουν κάποιες θέσεις, το μέλλον τους ήταν αβέβαιο. Οι πιέσεις της Γκεστάπο αποκορυφώθηκαν τον Αύγουστο του 1939 με το διάταγμα του Χίμλερ, που διακήρυξε την εκπαίδευση και τις εξετάσεις των υποψηφίων για διακονία για την Ομολογούσα Εκκλησία ως παράνομες. Το Σεπτέμβριο του 1937, η Γκεστάπο έκλεισε το Finkenwalde και μέχρι το Νοέμβριο, 27 πρώην μαθητές του Bonhöffer είχαν συλληφθεί.
Ο Bonhöffer πέρασε τα δύο επόμενα χρόνια ταξιδεύοντας μυστικά από το ένα χωριό στην ανατολική Γερμανία στο άλλο, για να επιβλέπει τους μαθητές του, οι περισσότεροι από τους οποίους διακονούσαν παράνομα σε μικρές ενορίες. Υπό την αυξανόμενη παρακολούθηση της Γκεστάπο, περιόρισε τις δημόσιες δηλώσεις του. Η Γκεστάπο του απαγόρευσε την παραμονή στο Βερολίνο, τον Ιανουάριο του 1938 και τον Σεπτέμβριο του 1940, εξέδωσε διαταγή απαγορεύοντάς του να μιλάει δημόσια.
Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, οι θεολογικές απόψεις του Bonhöffer διευρύνθηκαν, ακόμα και καθώς έψαχνε να βρει ποιος θα έπρεπε να είναι πρακτικά ο ρόλος του ως Χριστιανός στη ναζιστική Γερμανία. Η σχέση μεταξύ Ιουδαϊσμού και Χριστιανισμού αποτέλεσε κομβικό σημείο στη διδασκαλία του.
Τον Οκτώβριο του 1938, σε μια συνάντηση της Ομολογούσας Εκκλησίας, ρώτησε τους συναδέλφους του εάν, «αντί να επαναλαμβάνουμε τις ίδιες ερωτήσεις ξανά και ξανά θα μπορούσαμε να μιλήσουμε τελικά γι αυτό που είναι πραγματικό σημαντικό για εμάς: τι έχει να πει η Ομολογούσα Εκκλησία στο ερώτημα της εκκλησίας και της συναγωγής;»
Εδώ, για πρώτη φορά, περιέγραψε τον Ιουδαϊσμό χρησιμοποιώντας την ίδια ορολογία που χρησιμοποίησε για το Χριστιανισμό: μίλησε για την ισοδυναμία, στα μάτια του Θεού, μεταξύ «εκκλησίας και συναγωγής», για τους Εβραίους ως «αδέρφια των Χριστιανών» και «παιδιά της διαθήκης». Αυτές ήταν επαναστατικές δηλώσεις σε μια εποχή που οι ηγέτες της Γερμανικής Ευαγγελικής Εκκλησίας αρνούνταν οποιαδήποτε δεσμό μεταξύ Χριστιανισμού και Ιουδαϊσμού (με αποκορύφωμα τη σύσταση, το 1939, του «Ινστιτούτο για την Έρευνα και την Απομάκρυνση της Εβραϊκής Επιρροής στη Θρησκευτική Ζωή του Γερμανικού Λαού»).
Στις 9 Νοεμβρίου του 1938, όταν οι συναγωγές καίγονταν σε όλη τη Γερμανία, ο Bonhöffer βρισκόταν με τους μαθητές του στην ενδοχώρα της Pomerania. Ένα τηλεφώνημα την επόμενη μέρα τους ενημέρωσε για το τι είχε συμβεί. Ο Bonhöffer αμέσως ταξίδεψε στο Βερολίνο για να μάθει περισσότερες λεπτομέρειες για τα γεγονότα. Μετά την επιστροφή του, οι μαθητές του άρχισαν να συζητούν για τη θεολογική σημασία της Νύχτας των Κρυστάλλων (Kristallnacht). Όπως θυμήθηκε αργότερα κάποιος από αυτούς, αρκετοί από τους μαθητές «μίλησε για την κατάρα που κυνηγούσε τους Ιουδαίους από τον θάνατο του Ιησού στο σταυρό». Ο Bonhöffer το απέρριψε αυτό με σφοδρότητα, δηλώνοντας πως ο διωγμός αυτός ήταν μια «ξεκάθαρη βία» που αποκάλυπτε το «αθεϊστικό πρόσωπο» του Ναζισμού.
Η αντίδραση του Bonhöffer στο διωγμό της 9 Νοεμβρίου εξέφραζε τη πεποίθησή του για τη σημασία που είχε για τους Χριστιανούς ο διωγμός των Εβραίων. Στο περιθώριο της Βίβλου του, σημείωσε την ημερομηνία 10 Νοεμβρίου 1938 (είναι η μόνη ημερομηνία σημειωμένη μέσα στη Βίβλο του) δίπλα στα λόγια του εδαφίου 8 στο κεφ. 74 στους Ψαλμούς: «Και σκέφτηκαν: Όλους ας τους συντρίψουμε μια κι έξω κι ας κάψουμε όλους τους τόπους της λατρείας του Θεού στη χώρα... Θεέ, ως πότε θα ονειδίζει ο καταπιεστής, θα χλευάζει ο πολέμιος για πάντα το όνομά σου;»
Παρόμοια αντίδραση αρχίζει και εκτός Γερμανίας, οικουμενικοί ηγέτες στο εξωτερικό αρχίζουν να μετατοπίζουν το επίκεντρο του ενδιαφέροντός τους από την Ομολογούσα Εκκλησία στον ολοένα και εντονότερο διωγμό των Εβραίων. Μετά τις διώξεις του Νοεμβρίου, οι τρεις μεγαλύτερες οικουμενικές οργανώσεις στη Γενεύη έστειλαν μια κοινή επιστολή στις εκκλησίες μέλη τους, ανακοινώνοντας τα εξής:
«
Αυτή τη στιγμή που ο τρομερός διωγμός του εβραϊκού λαού στη Γερμανία και σε άλλες χώρες της κεντρικής Ευρώπης έχει φτάσει στην αποκορύφωσή του, αποτελεί καθήκον μας να θυμόμαστε τη στάση που τηρήσαμε ως οικουμενικό κίνημα ενάντια στον αντισημιτισμό σε όλες του τις μορφές».
Το οικουμενικό κίνημα είχε μέχρι τότε εστιάσει κυρίως στις δοκιμασίες των «μη-Αρίων» Χριστιανών προσφύγων, τώρα πια όμως η προοπτική του είχε διευρυνθεί. Η επιστολή παρότρυνε τις εκκλησίες να πιέσουν τις κυβερνήσεις τους να δεχθούν περισσότερους Εβραίους πρόσφυγες. Οι οικουμενικοί ηγέτες, και στη Γενεύη και στη Νέα Υόρκη, για πρώτη φορά συνεργαζόμενοι με εβραϊκές οργανώσεις, εντείνουν τις προσπάθειές τους για να βοηθήσουν τους πρόσφυγες. Έγιναν επαφές με την οργάνωση «Gruber Office», μια οργάνωση από το Βερολίνο υπό την ηγεσία ενός ποιμένα της Ομολογούσας Εκκλησίας, τον Heinrich Gruber, που τελικά βοήθησε 2.000 πρόσφυγες να φύγουν από τη Γερμανία. Πολλοί Ομολογούντες Χριστιανοί που είχαν αναγκαστεί να εγκαταλείψουν τη Γερμανία συνεργάστηκαν με τους πρώην συντρόφους τους στη Γερμανία για να προσφέρουν κι αυτοί.
Ένας από αυτούς ήταν και ο Adolf Freudenberg, που κατέφυγε στην Ελβετία το 1939, και ανέλαβε εκεί το ειδικό γραφείο για τους θρησκευτικούς πρόσφυγες του Παγκοσμίου Συμβουλίου των Εκκλησιών. Παράλληλα, στη Νέα Υόρκη, ο Henry Smith Leiper, ο Εκτελεστικός Γραμματέας του Ομοσπονδιακού Συμβουλίου των Εκκλησιών, προσπάθησε να ιδρύσει ένα παρόμοιο γραφείο σε Αμερικάνικο έδαφος. Ο Leiper που είχε επισκεφθεί τη Γερμανία το 1932, λόγω της ανησυχίας που είχε σχετικά με τον αντισημιτισμό, ήταν ένας ευθαρσής επικριτής του Ναζισμού. Είχε κάνει μάλιστα έκκληση για μποϊκοτάζ των Ολυμπιακών αγώνων του 1936, εξαιτίας των Νόμων της Νυρεμβέργης και είχε στενή συνεργασία με χριστιανικές και ιουδαϊκές ομάδες στις Η.Π.Α., στον αγώνα για ενημέρωση σχετικά με τα συμβάντα στη ναζιστική Γερμανία.
Μέχρι το 1939, η διεθνής οικουμενική κοινότητα παρακολουθούσε στενά τα τεκταινόμενα στη ναζιστική Γερμανία. Παράλληλα, οι πρώτες συναντήσεις της γερμανικής αντίστασης ήταν γεγονός. Ένας απ' αυτούς που συμμετείχαν στην αντίσταση ήταν και ο Hans von Dohnanyi, ένας δικηγόρος που είχε παντρευτεί την αδερφή του Bonhöffer. O Dohnanyi ένας παθιασμένος εχθρός του Ναζισμού, μετακινήθηκε το 1939 από το Υπουργείο Δικαιοσύνης στη στρατιωτική υπηρεσία πληροφοριών στο Αρχηγείο των Ενόπλων Δυνάμεων. Αυτό το γραφείο υπό την ηγεσία του ναυάρχου Βίλχελμ Κανάρη και του υποστρατήγου Hans Oster, σύντομα έγινε το επίκεντρο της συνομωσίας.
Στις αρχές του 1939, ο Dohnanyi πλησίασε τον Bonhöffer σχετικά με την πιθανότητα αντίστασης ενάντια στο καθεστώς. Ήταν μια εποχή προσωπικής αβεβαιότητας για τον Bonhöffer, που σκεφτόταν πολύ σοβαρά να φύγει από τη Γερμανία. Από τον Dohnanyi γνώριζε πως ο πόλεμος ήταν αναπόφευκτος. Γνώριζε επίσης πως δε θα μπορούσε ποτέ να πολεμήσει στο στρατό του Χίτλερ. Καθώς ήταν προβληματισμένος, έγραψε στους φίλους του στο οικουμενικό κίνημα, που σύντομα ανταποκρίθηκαν με μια επίσημη προσφορά μιας θέσης στο Union Seminary στη Νέα Υόρκη.
Ο Bonhöffer έφυγε για τη Νέα Υόρκη τον Ιούνιο του 1939. Πεπεισμένος πως ο Bonhöffer ήθελε να φύγει μόνιμα από τη Γερμανία, ο Henry Smith Leiper του ζήτησε να αναλάβει το γραφείο του Ομοσπονδιακού Συμβουλίου με στόχο την βοήθεια των προσφύγων στις Η.Π.Α. Αλλά μόλις έφτασε στις Η.Π.Α. ο Bonhöffer είχε ήδη αποφασίσει πως η θέση του ήτανε στη Γερμανία. Οι αμφιβολίες του επιβεβαιώθηκαν από μια επιστολή που έλαβε από τον Freudenberg, με την οποία τον ενημέρωσε πως η θέση στο Ομοσπονδιακό Συμβούλιο θα έπρεπε να δοθεί σε ένα μόνιμο μετανάστη. Ο Bonhöffer έγραψε στον Reinhold Niebuhr:
«Έχω καταλήξει στο συμπέρασμα πως έκανα λάθος που ήρθα στην Αμερική... Δε θα έχω κανένα δικαίωμα να συμμετάσχω στην αποκατάσταση της χριστιανικής ζωής στη μεταπολεμική Γερμανία εκτός και αν μοιραστώ τις τωρινές δοκιμασίες με το λαό μου».
Η επιστροφή του στη Γερμανία τον Ιούλιο του 1939, σημάδεψε μια καινούρια περίοδο της ζωής του: ενεργή αντίσταση. Ουσιαστικά ήταν ο μόνος άνθρωπος ικανός να το πραγματοποιήσει, ο Bonhöffer αποτέλεσε τον ζωτικό κρίκο ανάμεσα στις διεθνείς οικουμενικές προσπάθειες και στη γερμανική συνομωσία ενάντια στο ναζισμό.
Ακόμη και πριν ξεσπάσει ο πόλεμος, Γερμανοί αντίπαλοι του Χίτλερ είχαν σκεφτεί την ανατροπή του ναζιστικού καθεστώτος. Το πρώτο σχέδιο ανατροπής του Χίτλερ που όμως δεν κατόρθωσε να γίνει πραγματικότητα ήταν κατά τη διάρκεια της κρίσης στη Sudeten (με τη Γερμανική μειονότητα της Τσεχοσλοβακίας) το 1938. Για να έχει επιτυχία όμως ένα στρατιωτικό πραξικόπημα όμως, θα έπρεπε να έχει την υποστήριξη βασικών στρατιωτικών προσωπικοτήτων. Η πρόθεσή τους όμως να αναλάβουν ένα τέτοιο ρίσκο ελαχιστοποιήθηκε μετά τις γερμανικές νίκες στην Πολωνία και στο δυτικό μέτωπο. Αυτό εξόργισε τους πολιτικούς συνωμότες σαν τον Dohnanyi, που δεν εμπιστευόταν τους στρατιωτικούς και καταδίκαζε την απροθυμία τους να κινηθούν αποφασιστικά ενάντια στον Χίτλερ.
Γερμανικές αντιστασιακές οργανώσεις ήλπιζαν να πείσουν τους Συμμάχους για τη σοβαρότητα των προθέσεών τους, και να κερδίσουν έτσι υποστήριξη από το εξωτερικό για την ανατροπή του ναζιστικού καθεστώτος. Τον Οκτώβριο του 1940, ο Bonhöffer ξεκίνησε να εργάζεται ως πράκτορας της στρατιωτικής υπηρεσίας κατασκοπίας, προσποιούμενος πως χρησιμοποιεί τις επαφές του στο οικουμενικό κίνημα για να βοηθήσει την εκπλήρωση των στόχων του Ράιχ.
Στην πραγματικότητα όμως, χρησιμοποίησε τις επαφές του για να κάνει γνωστό το αντιστασιακό κίνημα. Σε ταξίδια που πραγματοποίησε στην Ιταλία, στην Ελβετία και τη Σκανδιναβία το 1941 και το 1942, έδωσε πληροφορίες για τις δραστηριότητες της αντίστασης και προσπάθησε να κερδίσει την υποστήριξη στο εξωτερικό για τη γερμανική αντίσταση.
Ο Dohnanyi και άλλοι είχαν επενδύσει πολύ στις επαφές του Bonhöffer στο εξωτερικό, ειδικότερα μάλιστα στη δυνατότητα του επισκόπου Georde Bell να μεταφέρει μηνύματα στα υψηλά κλιμάκια της βρετανικής κυβέρνησης. Ο Bonhöffer με τη σειρά του προσπάθησε να πείσει τις επαφές του αυτές πως ήταν απαραίτητο ένα σημάδι υποστήριξης από τους Συμμάχους προς τους Γερμανούς συνωμότες, επειδή μόνο κάτι τέτοιο θα έπειθε τους Γερμανούς στρατιωτικούς να κινηθούν ενάντια στον Χίτλερ.
Οι συμμαχικές κυβερνήσεις υποδέχτηκαν όλες αυτές τις βολιδοσκοπήσεις με καχυποψία. Τα στρατιωτικά μέλη της αντίστασης ζητούσαν εγγυήσεις για την εδαφική ακεραιότητα της Γερμανίας καθώς και για τη τοποθέτησή τους σε ηγετικές θέσεις στη μεταπολεμική Γερμανία. Διπλωμάτες και ηγέτες των συμμαχικών δυνάμεων θεώρησαν τις απαιτήσεις αυτές μη αποδεκτές, και έτσι δεν πήραν ποτέ στα σοβαρά τη δυνατότητα πραξικοπήματος στη Γερμανία. Τον Ιανουάριο του 1943, ο Τσόρτσιλ και ο Ρούσβελτ ανακοίνωσαν πως μόνο η άνευ όρων στρατιωτική ήττα της Γερμανίας θα εξάλειφε τον Ναζισμό.
Παρά τις αρνητικές αυτές τοποθετήσεις, οι συνωμότες συνέχιζαν το σχεδιασμό για την πτώση του Χίτλερ. Αλλά καθώς οι προοπτικές ενός πραξικοπήματος έφθιναν, κάποιοι έψαχναν τρόπους για να βοηθήσουν τα θύματα του Ναζισμού. Στις 5 Σεπτεμβρίου του 1941, όλοι οι Εβραίοι στο Ράιχ διετάχθησαν να φορέσουν το κίτρινο αστέρι, και οι πρώτες απελάσεις προς τα ανατολικά από το Βερολίνο συνέβησαν στις 15 Οκτωβρίου. Στις 17 και 18 Οκτωβρίου, ο Bonhöffer και ο Friedriech Perels, ένας δικηγόρος της Ομολογούσας Εκκλησίας, έγραψαν ένα σημείωμα αναφέροντας λεπτομέρειες από τις πρώτες αυτές απελάσεις. Το σημείωμα αυτό στάλθηκε σε έμπιστους Γερμανούς αξιωματικούς με την ελπίδα πως θα τους προέτρεπε σε δράση, καθώς και σε επαφές του Οικουμενικού κινήματος, καθώς και στο State Department των Η.Π.Α.
Στο γραφείο του Dohnanyi, ετοιμάστηκε ένα σχέδιο για να φυγαδευτούν Εβραίοι εκτός Γερμανίας προμηθεύοντάς τους έγγραφα που τους εμφάνιζαν ως ξένους πράκτορες. Το σχέδιο αυτό δεν ήταν και τόσο τραβηγμένο, σε πολλές περιπτώσεις ναζιστικές μυστικές υπηρεσίες είχαν χρησιμοποιήσει Εβραίους πράκτορες σαν κάλυψη. Υπήρχε, ακόμη, μια υπόγεια επιχείρηση που βοηθούσε στη μετανάστευση των Εβραίων έναντι αδρού οικονομικού τιμήματος.
Η προσπάθεια των Dohnanyi/Canaris, που ονομάστηκε «Επιχείρηση Επτά», τελικά διέσωσε 14 Εβραίους στην Ελβετία (οι έντεκα είχαν προσηλυτιστεί στον Χριστιανισμό, οι τρεις όχι). Ο Bonhöffer χρησιμοποίησε τις επαφές του στο Οικουμενικό κίνημα για την προμήθεια βίζας για την ομάδα. Με δική του προτροπή, ένα από τα διασωθέντα άτομα ήταν και η Charlotte Friedenthal, που είχε εργαστεί με τη Marga Meusel και με την οργάνωση «Gruber Office».
Η Friedenthal έφτασε στην Ελβετία τον Αύγουστο του 1942, οι υπόλοιποι έφτασαν τον Σεπτέμβριο. Το γραφείο του Dohnanyi ξεκίνησε αμέσως σχέδια για μια καινούρια επιχείρηση, αλλά δεν πρόλαβαν, η Γκεστάπο εντόπισε τα τεράστια χρηματικά ποσά που οι συνωμότες είχαν φυγαδεύσει στο εξωτερικό για τους μετανάστες. Ακολούθησαν οι συλλήψεις των Dohnanyi και Bonhöffer τον Απρίλιο του 1943.
Στην αρχή, η Γκεστάπο αντιμετώπισε την υπόθεση σαν μια υπόθεση διαφθοράς, κατηγορώντας τον Dohnanyi και τους συντρόφους του πως ότι έκαναν το έκαναν για τα λεφτά. Όμως, σύντομα κατάλαβαν πως η επιχείρηση διάσωσης ήταν απλώς η κορυφή του παγόβουνου. Ο Bonhöffer κατηγορήθηκε πως συνωμότησε για να σώσει Εβραίους, πως χρησιμοποίησε τα ταξίδια του στο εξωτερικό για την εξυπηρέτηση μη υπηρεσιακών στόχων, και πως χρησιμοποίησε την υπηρεσιακή του θέση για να βοηθήσει τους ποιμένες της Ομολογούσας Εκκλησίας να αποφύγουν την στράτευση και για την εξυπηρέτηση του δικού του οικουμενικού έργου.
Η αναφορά της Γκεστάπο για τον Bonhöffer τον περιέγραφε ως «εντελώς δοσμένο στην αντίσταση». Παρόλα αυτά όμως, και παρά την αποτυχημένη προσπάθεια δολοφονίας του Χίτλερ στις 20 Ιουλίου του 1944, πέρασαν μήνες μέχρις ότου οι Ναζί συνειδητοποίησαν τον βαθμό συμμετοχής του Bonhöffer στους αντιστασιακούς κύκλους.
Τον Οκτώβριο του 1944, ο Bonhöffer μεταφέρθηκε στην τρομακτική φυλακή της Γκεστάπο στο Βερολίνο και τον Φεβρουάριο του 1945 μεταφέρθηκε στο Buchenwald. Από εκεί μεταφέρθηκε στο στρατόπεδο συγκέντρωσης στο Flossenburg, όπου στις 9 Απριλίου απαγχονίστηκε, μαζί με τον Canaris, τον Oster, και άλλους συνωμότες. Ο Hans von Dohnanyi και ο Klaus Bonhöffer εκτελέστηκαν μερικές ημέρες αργότερα.
Ο γιατρός των SS που ήταν παρών στην εκτέλεση του Bonhöffer, αργότερα αναφέρθηκε σ’ έναν άνδρα «αφοσιωμένο... γενναίο και νηφάλιο. Ο θάνατός του επακολούθησε μετά από λίγα δευτερόλεπτα... Δεν νομίζω να έχω δει ποτέ κάποιον να πεθαίνει με τέτοια τέλεια υποταγή στο θέλημα του Θεού».
Ο Bonhöffer έστειλε ένα τελευταίο μήνυμα, στον George Bell στην Αγγλία: «Αυτό είναι το τέλος, για μένα όμως είναι η αρχή της ζωής».
Τον Δεκέμβριο του 1942, ο Bonhöffer είχε στείλει ένα Χριστουγεννιάτικο γράμμα («Μετά Από Δέκα Χρόνια») στους στενότερους φίλους του στην αντίσταση. Με έναν πικρά ρεαλιστικό τόνο, αναφέρθηκε στην πιθανότητα πως θα μπορούσαν να αποτύχουν, και πως το έργο της ζωής του θα μπορούσε να μείνει ατελές. Ίσως να αναρωτήθηκε επίσης αν η απόφασή του να επιστρέψει στη Γερμανία και να εργαστεί για τις στρατιωτικές μυστικές υπηρεσίες, ήταν σωστή.
«Θα μπορούσαμε ακόμη να φανούμε σε κάτι χρήσιμοι;» έγραψε.
«Έχουμε υπάρξει σιωπηλοί μάρτυρες σε διεστραμμένες πράξεις, έχουμε μουσκευτεί σε πολλές καταιγίδες, έχουμε γίνει καλλιτέχνες στην υπεκφυγή και στην προσποίηση, η εμπειρία μας έχει κάνει καχύποπτους με τους άλλους και μας απέτρεψε από το να είμαστε ειλικρινής και ανοιχτοί, απαράδεκτες συγκρούσεις μας έφθειραν και μας έκαναν κυνικούς. Θα μπορούσαμε ακόμη να φανούμε σε κάτι χρήσιμοι;»
Οι εξαναγκασμοί, οι υπεκφυγές και οι συμβιβασμοί του είχαν κοστίσει πολύ. Στάθμισε τα διάφορα κίνητρα για να πολεμήσει κανείς το κακό, σημειώνοντας ότι ακόμα και οι καλύτερες προθέσεις θα μπορούσαν να φανούν αναποτελεσματικές. «Ποιος μένει ανυποχώρητος;» ρώτησε ο Bonhöffer.
«
Μόνο αυτός για τον οποίο το τελικό πρότυπο δεν είναι η λογική του, οι αρχές του, η συνείδησή του, η ελευθερία του, η αρετή του, αλλά αυτός που είναι έτοιμος να θυσιάσει όλα αυτά, όταν εν πίστη και εν πλήρη υποταγή στο Θεό καλείται σε υπακοή και υπεύθυνη δράση, το υπεύθυνο άτομο, του οποίου η ζωή δε θα είναι τίποτε άλλο παρά μια απάντηση στην ερώτηση και την κλήση του Θεού».
Σ' αυτή την επιστολή, ένα από τα πιο συγκινητικά και δυνατά γραπτά του, τα διάφορα νήματα της ζωής και του έργου του Bonhöffer συναντήθηκαν μαζί. Ήταν ένας από τους λίγους στην εκκλησία του που απαίτησαν την προστασία για τους διωκομένους ως ένα απαραίτητο πολιτικό βήμα. Κάλεσε την εκκλησία του, που εκ παραδόσεως ταυτιζόταν με το κράτος, να εναντιωθεί στις συνέπειες αυτής της συμμαχίας.
Η εκκλησιαστική πάλη, καθώς έγραψε προς τον επίσκοπο George Bell το 1934, «δεν ήταν κάτι που συμβαίνει μόνο μέσα στην εκκλησία, αλλά επιτίθεται επίσης στις ίδιες τις ρίζες του Εθνικοσοσιαλισμού. Το σημαντικό είναι η ελευθερία...».
Το επίκεντρο του ενδιαφέροντος του Bonhöffer παρέμεινε περισσότερο θεολογικό και πολιτικό. Η αντιπαράθεση των εκκλησιών σχετικά με την Άρια παράγραφο τον έπεισε πως οι παλιές παραδόσεις είχαν χρεοκοπήσει.
Σε αντίθεση, ο Bonhöffer έκανε έκκληση για «Χριστιανισμό, όχι θρησκεία» σε «ένα κόσμο που ενηλικιώθηκε», σ' ένα κόσμο στον οποίο οι παλιές σταθερές και αξίες είχαν αντικατασταθεί από τον κυνισμό και την ιδεολογία. Προσπάθησε να προσδιορίσει τι είδους χριστιανική πίστη ήταν βιώσιμη σ' αυτό το νέο κόσμο, «όχι με στόχο να ξεμπλέξει ηρωικά απ' αυτή την ιστορία», αλλά για να φτάσει σε μια νέα κατανόηση της πίστης, προς χάριν των επόμενων γενεών.
Μέσα σ' αυτό το πλαίσιο θα πρέπει να γίνει κατανοητή η εξέλιξη των απόψεών του που αφορούν τη σχέση μεταξύ Ιουδαϊσμού και Χριστιανισμού. Η διορατικότητά του αφορούσε λιγότερο τον Ιουδαϊσμό και περισσότερο τον δικό του Χριστιανισμό. Η δήλωσή του το 1941 πως «Ο Εβραίος κρατάει το ερώτημα του Χριστού ανοιχτό», (δημοσιεύτηκε στο Ethics) ήταν μια τελική αναγνώριση πως ο διωγμός της θρησκείας, που ιστορικά αφορά περισσότερο τη δική του, τον είχε οδηγήσει να αναθεωρήσει τον τρόπο που σκεφτόταν για τη δική του πίστη.
Γι' αυτό το λόγο, η μεγαλύτερη επιρροή του Bonhöffer στη σημερινή εποχή ασκείται σ' αυτούς τους χριστιανικούς κύκλους που επιδίωξαν να αναδιατυπώσουν τη χριστιανική θεολογία μετά το Άουσβιτς. Παρ' όλα αυτά, δεν μπορούμε να γνωρίζουμε με σιγουριά αν θα εγκατέλειπε την άποψη του supersessionism (ότι ο Χριστιανισμός αντικαθιστά τον Ιουδαϊσμό, όσον αφορά τις υποσχέσεις του Θεού), ή πώς θα είχε αντιμετωπίσει τα θεολογικά ερωτήματα που γεννήθηκαν μετά το Ολοκαύτωμα. Δεν πρόλαβε όμως να ολοκληρώσει το θεολογικό του ταξίδι.
Η τελική κληρονομιά του Bonhöffer υπερβαίνει τα όρια του κύκλου της Γερμανικής αντίστασης στον οποίο κινήθηκε. Η τραγωδία τους δεν ήταν μόνο η αποτυχία τους, αλλά ότι η αποτυχία τους αποκάλυψε τον βαθμό στον οποίο ήταν «ημιτελής». Καθώς πέρασαν οι δεκαετίες μετά το 1945, έχουμε συνειδητοποιήσει πως το πλαίσιο του ναζιστικού κακού απαιτούσε ένα πιο ολοκληρωμένο είδος ηρωισμού, ωθούμενο όχι μόνο από την αποστροφή ενάντια στη βαρβαρότητα μιας δικτατορίας, αλλά από μια βαθύτερη επίγνωση του κόστους του αντισημιτισμού, του συμβιβασμού και της συνέργιας.
Αλλά αυτή είναι μια επίγνωση που έχουμε αποκτήσει σταδιακά, με τη βοήθεια και των αυξανόμενων μελετών για το Ολοκαύτωμα. Η συνειδητοποίηση ότι ο διάχυτος αντισημιτισμός και αντιεβραϊσμός σε χριστιανικούς κύκλους βοήθησε στη δημιουργία συμπεριφορών που κορυφώθηκαν με το Ολοκαύτωμα, μας οδηγεί, να διαβάσουμε τα θεολογικά κείμενα του Bonhöffer με περισσότερο κριτική διάθεση.
Δεν μπορούμε βέβαια να εθελοτυφλούμε μπροστά στο γεγονός πως αφήνει πίσω του μια κληρονομιά μοναδική ανάμεσα στους θεολόγους και τους ακτιβιστές της εκκλησίας. Είναι ίσως ο μοναδικός Χριστιανός στοχαστής στην ιστορία που διατύπωσε με ευκρίνεια μια θεολογία που πραγματικά αντιπαρατέθηκε με την εποχή του, και το έκανε αυτό χωρίς την γνώση που επακολουθεί την εμπειρία, αλλά κατά την διάρκεια του ίδιου του Τρίτου Ράιχ. Τα ερωτήματα παραμένουν αναπάντητα ως αναφορά για το που θα οδηγείτο αν του επιτρεπόταν. Αλλά, στην πραγματικότητα, τα ερωτήματα που ο Bonhöffer άφησε ανεπίλυτα είναι αυτά που και εμείς σήμερα αντιμετωπίζουμε, καθώς συνεχίζουμε να παλεύουμε με τα επακόλουθα του Ολοκαυτώματος.
Η διάλυση της Οθωμανικής αυτοκρατορίας ξεκίνησε τον 19ο αιώνα και ολοκληρώθηκε στις αρχές του 20ου. Έτσι δόθηκε η ευκαιρία να ιδρυθούν και τα σημερινά εθνικά κράτη της Μέσης Ανατολής, με αποφάσεις των μεγάλων δυνάμεων και της Κοινωνίας των Εθνών. Την ίδια περίοδο, και οι Εβραίοι της περιοχής αλλά και εκείνοι της διασποράς ζήτησαν να τους δοθεί και το κομμάτι της πατρικής τους γης για να ιδρύσουν το δικό τους ανεξάρτητο κράτος. Αλλά, οι Εβραίοι ήταν τότε αδύναμοι και απέναντί τους είχαν και πάλι μια άλλη ιμπεριαλιστική δύναμη, την τότε Βρετανική αυτοκρατορία, η οποία είχε θέσει υπό την επιρροή της τη Μέση Ανατολή (που τότε αποκαλείτο Βρετανική Εντολή της Παλαιστίνης) και δεν ήταν καθόλου πρόθυμη να παραχωρήσει εδάφη, παρόλο που διπλωματικά διατεινόταν ότι έβλεπε με ευνοϊκή διάθεση την ίδρυση ενός Εβραϊκού κράτους. Γενικά, η πολιτική των Βρετανών ήταν γεμάτη κούφιες υποσχέσεις και υπαναχωρήσεις, τόσο απέναντι στους Εβραίους όσο και στους Άραβες. Τελικά, το 1922, παρεχώρησαν τη γη ανατολικά του Ιορδάνη στους Άραβες της περιοχής (77% της συνολικής έκτασης) και ίδρυσαν εκεί, με την έγκριση της Κοινωνίας των Εθνών, το Βασίλειο της Υπεριορδανίας, στο οποίο τοποθέτησαν βασιλιά της εκλογής τους, τον Άραβα Χασεμίτη Αμπντάλα Α΄, ιδρυτή της βασιλικής δυναστείας που κυβερνά και σήμερα την Ιορδανία. Ωστόσο, δεν προχώρησαν στην ίδρυση και του Εβραϊκού κράτους και συνέχισαν να κρατούν για τον εαυτό τους την περιοχή δυτικά του Ιορδάνη (23% της συνολικής έκτασης).
Μετά τον πόλεμο, το ζήτημα του Εβραϊκού λαού ανέλαβε να το λύσει ο ΟΗΕ που είχε αντικαταστήσει την Κοινωνία των Εθνών, και η επιτροπή, που συστήθηκε για να βρει λύση, πρότεινε την ίδρυση δύο κρατών στο κομμάτι που είχε απομείνει. Το σχέδιο εγκρίθηκε στις 29/9/1947, και έτσι η αρχική περιοχή διαιρέθηκε για δεύτερη φορά, επιτρέποντας να ξαναδημιουργηθεί, παράλληλα με το Εβραϊκό, και ένα ακόμη Αραβικό κράτος. Οι Εβραίοι αποδέχτηκαν το σχέδιο, παρόλο που τους παραχωρούσε ένα πολύ μικρότερο κομμάτι γης από εκείνο που αρχικά τούς είχαν υποσχεθεί οι Βρετανοί (το 56% από το έδαφος που είχε απομείνει μετά τη δημιουργία της Υπεριορδανίας). Όμως, οι Άραβες της περιοχής, αλλά και τα γειτονικά Αραβικά κράτη το απέρριψαν και απροκάλυπτα δήλωσαν ότι μόλις αποχωρούσαν οι Βρετανοί τοποτηρητές, θα επιτίθονταν και θα πετούσαν τους Εβραίους στη θάλασσα. Τη δήλωσή τους την πραγματοποίησαν την ίδια ημέρα που το Ισραήλ ανακήρυξε την ανεξαρτησία του, ενώ οι Άραβες, αυτοί που σήμερα ονομάζουμε Παλαιστίνιους, ποτέ δεν δέχτηκαν να ανακηρύξουν δικό τους κράτος με τα σύνορα που πρότεινε ο ΟΗΕ. Αντίθετα, σαν αποτέλεσμα αυτού του πρώτου πολέμου, του Πολέμου της Ανεξαρτησίας όπως τον αποκαλούν οι Ισραηλινοί, τα εδάφη που προορίζονταν για τους Άραβες πέρασαν στα χέρια των Αιγυπτίων (η Γάζα), των Ιορδανών (η Δυτική όχθη του Ιορδάνη, γι’ αυτό και η Υπεριορδανία άλλαξε το όνομά της σε Ιορδανία) και ένα μέρος κατακτήθηκε από τους Ισραηλινούς. Πολλοί από τους Άραβες κατοίκους είχαν εγκαταλείψει τις εστίες τους, για να αποφύγουν τα δεινά του πολέμου, με την ελπίδα ότι μετά την εξαφάνιση των Εβραίων θα ξαναγυρνούσαν ως αποκλειστικοί κάτοικοι της περιοχής. Αλλά, οι ελπίδες τους διαψεύστηκαν και έτσι απετέλεσαν τους σημερινούς Παλαιστινίους πρόσφυγες. Ας σημειωθεί εδώ, ότι για τη μετεγκατάσταση αυτών των προσφύγων, ο ΟΗΕ έχει προσφέρει και συνεχίζει να προσφέρει τεράστια ποσά, αλλά αυτή ποτέ δεν πραγματοποιήθηκε διότι δεν υπάρχει τέτοια βούληση. 
